Legati al coccodrillo “delle Grazie” e alla sua derivazione sono nate diverse leggende e teorie, c'è chi riporta la sua fuga da uno zoo esotico privato di casa Gonzaga, chi ha elaborato racconti più vicini alla natura miracolosa dell'evento: due fratelli barcaioli stavano riposando sulla sponda del fiume, a un tratto uno dei due venne assalito dal coccodrillo. L'altro, chiedendo l'intercessione divina, si armò di coltello e riuscì a uccidere il predatore. Sono stati ipotizzati anche altri significati e collegamenti (anche tra altre strutture architettoniche – simbolismi presenti nella chiesa e i versetti sull'Apocalisse) ben più elaborati si pensano riconducibili ai Francescani Minori Osservanti (guardiani della chiesa proprio durante il secolo in cui venne esposta la reliquia del coccodrillo) e all'alchimia medievale che attuavano.

Nell'antichità venivano viste con promiscuità le figure di draghi, coccodrilli o serpi e spesso, in epoca cristiana, venivano associate al male, considerate personificazioni terrene del diavolo, animali che inducono al peccato.

La collocazione di questi animali nelle chiese ha quindi un forte significato simbolico, come furono nelle chiese medievali l'ubicazione di fossili preistorici, quindi, incatenare l'animale in alto, nella volta della chiesa vuol dire renderlo innocuo, bloccare il male che rappresenta e nello stesso tempo esporre un monito concreto per i fedeli contro l'umana predisposizione all'errore.

Presenza del tutto particolare, stupisce il visitatore che entra nel Santuario, un coccodrillo (Crocodilus niloticus) imbalsamato è appeso al soffitto al centro della navata. Si tratta di un vero e proprio coccodrillo, non un modellino, in tutta la sua interezza che è stato aggiunto nella chiesa nel XV o XVI secolo e che è stato da poco oggetto di restauro. Questa non è l'unica chiesa in cui si può trovare una simile stranezza ma nemmeno l'unico luogo nella provincia di Mantova. Si possono trovare altri due coccodrilli nel Palazzo degli Studi e nella curia della città. Fuori provincia, nella chiesa di Santa Maria delle Vergini a Macerata e al Santuario della Madonna delle Lacrime a Ponte Nossa (BG).

Cappella di San Bonaventura o dei Castiglioni

Tra i punti focali del santuario è la cappella di San Bonaventura, della famiglia Castiglioni. Lo spazio è universalmente noto come sepoltura del grande umanista, Baldassarre Castiglioni, e realizzato dal genio della maniera, Giulio Romano. Diplomatico e scrittore, Baldassarre dopo la morte della moglie Ippolita Torelli passò al servizio del papa; nunzio apostolico in Spagna presso l'imperatore Carlo V, mori a Toledo nel 1529, pochi giorni dopo essere stato eletto vescovo di Avila. Provvide la madre, Aloisia Gonzaga, a far traslare i suoi resti in patria e incaricare Giulio Romano della realizzazione della cappella.

Cappella di San Gabriele o degli Strozzi di Mantova

Imponente nelle dimensioni e nella decorazione, la cappella dedicata a San Gabriele era di pertinenza della famiglia Strozzi di Mantova e anticamente intitolata alla Vergine Assunta e a San Ludovico. La nobile famiglia, infatti, aveva due rami principali, uno quello di Firenze, l’altro, appunto, mantovano (proprio nella capitale del granducato di Toscana, questi ultimi possedevano un grande palazzo che sorge alle spalle di Santa Maria del Fiore).

Cappella di San Lorenzo o dei Bertazzolo

Seconda tra le cappelle sul fianco destro della navata è quella intitolata a San Lorenzo, di patronato della famiglia Bertazzolo, nobile casata mantovana nota per aver dato numerose figure di spicco, in particolar modo ecclesiastici, ingegneri, e prefetti ducali alle acque. Tra questi vale la pena di rammentare l’ingegnere idraulico Gabriele Bertazzolo, attivo tra Cinque e Seicento (regolarizzò, ad esempio, lo sbocco del Mincio in Po presso Governolo), scrittore e cartografo (autore di importanti carte topografiche della città e del territorio). I Bertazzolo avevano come patrono San Lorenzo: di qui la dedicazione e i dipinti della cappella, che essi fecero erigere nella seconda metà del Cinquecento.

Cappella di Santa Caterina o degli Aliprandi

Terza cappella sul fianco destro della navata, caratterizzata dalla veste gotica che la rende la più antica cappella del santuario, è quella intitolata alla Madonna e a Santa Caterina, di patronato della famiglia Aliprandi. Risale al 1415, quando venne edificata in dimensioni maggiori, e poi ridotta per permettere l’edificazione del chiostro. La scritta tra due stemmi della raffinata lapide dedicatoria dichiara che a volere la cappella è stato il più noto esponente della famiglia, Bonamente, testimone oculare della costruzione del tempio, della quale lasciò relazione nei versi della sua nota Cronica di Mantova.