La due sale Morandi (una dedicata alla pittura e una alle opere grafiche) espongono la straordinaria raccolta di cinquanta opere di Giorgio Morandi tra oli, acquerelli, disegni e incisioni, e venne allestita quando l'artista era ancora in vita. Luigi Magnani fu amico di Morandi da quando gli venne presentato nel 1940 dal critico Brandi. La collezione, oltre alle celebri nature morte, permette di valutare tutto il percorso artistico del pittore, compreso un autoritratto, due paesaggi (di Grizzana e del cortile di via Fondazza a Bologna) e un raro dipinto metafisico, testimonianza della sua breve adesione al movimento. La raccolta comprende anche l'unico quadro realizzato da Morandi su commissione, la "Natura morta con strumenti musicali" dipinta nel 1941 proprio su richiesta dell'amico Magnani.